本學程之課程設計以法規科學的實際運作流程為核心，強調從科學證據出發，連結法規制定、政策判斷與實務應用。課程架構依循學生學習歷程，循序規劃基礎核心課程、跨領域進階課程、研究導向之專題討論與論文訓練，以及結合產、官、學界之實習學習，使學生在理論與實務之間建立清楚的銜接。
在教學內容方面，必修課程以先進國家之法規科學思維與制度設計為起點，涵蓋藥品、醫療器材及新興療法等之法規議題，並進一步檢視我國現行法規架構與制度特色。課程探討層面橫跨科學評估、法規實務、法源依據、智慧財產與專利策略等面向，引導學生理解科學證據如何轉化為法規決策。
為回應醫藥創新快速發展，本學程以新興療法 (如細胞與基因治療) 及人工智慧輔助之藥品與醫療器材為重點教學主軸，透過國際案例分析，討論全球發展趨勢，並比較臺灣所面臨的機會與挑戰，課程內容亦將隨法規科學領域之實際需求滾動式調整。
教學方法除講授式課程外，亦大量採用案例討論、角色扮演與分組專題報告，模擬實際法規溝通與決策情境，促進來自不同背景學生之交流、溝通與思辨能力。另規劃產、官、學相關選修課程，使學生能依個人生涯發展方向，深化專業訓練，培養具備國際視野、前瞻思維與領導能力之醫藥法規科學人才。